Počátky historické práce ve Slováckém muzeu spadají do 30. let 20. století. První zmínky o ustanovení historického odboru pocházejí z 3. září 1931, kdy byl kustodem pro historické sbírky jmenován J. Jelínek. Současně byl ve Slováckém muzeu ustanoven i literární odbor, za jehož činnost byl odpovědný známý vlastivědný pracovník Bedřich Beneš Buchlovan. S činností historického odboru úzce souvisely i snahy o vybudování Památníku odboje, jenž by dokumentoval průběh první světové války a vznik samostatné Československé republiky.

Základ historických sbírek muzea tvořily skleněné, porcelánové a kovové předměty, získané převážně sběrem, ale i nákupem od obyvatel Slovácka. V roce 1930 byly sbírky obohaceny zakoupením starého tisku Mars moravicus Tomáše Pešiny z Čechorodu, tištěného v Praze v roce 1677, a dále 47 kusů střeleckých terčů, pocházejících většinou z 18. a 19. století. V roce 1934 muzeum zakoupilo kopie map a plánů hradišťské pevnosti z vídeňského Vojenského archívu.

Válečná léta pozastavila činnost historického úseku a rovněž 50. a 60. léta byla obdobím stagnace tohoto vědního oboru ve Slováckém muzeu. Až příchod nových pracovníků v 70. letech přinesl oživení. Veškeré historické sbírky byly inventarizovány, byla prováděna průběžná evidence nově získaných předmětů, byly budovány nové historické depozitáře. Rozvíjela se i výzkumná činnost s částečnou specializací na agrární dějiny regionu. Výstupy z výzkumů byly uplatněny při přípravě výstav a publikovány ve formě studií a článků v odborných časopisech a sbornících.

Od roku 1990 se Slovácké muzeum stalo jedním z mála odborných ústavů, které pořádají pravidelná setkání agrárních historiků z celé republiky i ze zahraničí. Tyto konference přispívají k rozvoji poznání agrární historie některých zemí střední a jižní Evropy i ke konfrontaci stavu vědeckého bádání dané problematiky v těchto zemích.

Velká pozornost je od roku 1992 věnována výzkumu a dokumentaci uměleckohistorických památek obcí a měst okresu Uherské Hradiště, které postihují nejen památkově chráněné stavby, ale i ostatní stavebně a historicky zajímavé objekty.