Výsledkem několika etap vykopávkových prací (1903–1906, 1937–1938 a 1940–1941) spojených s odvodňováním areálu bývalého cisterciáckého kláštera na Velehradě (okres Uherské Hradiště) bylo vytvoření jedinečné sbírky kamenných architektonických článků a jejich fragmentů. Tento materiál pochází z nejstarší stavby velehradského cisterciáckého kláštera, tedy z první poloviny 13. století. Při raně barokní přestavbě kláštera na počátku třicátých let 17. století byly románsko-gotické architektonické články použity jako stavební materiál do základových pilířů nového ambitu a kapitulní síně. Při statickém zajišťování bývalých klášterních budov na počátku čtyřicátých let 20. století musely být tyto základové pilíře postupně rozebrány a nahrazeny novými s hlubším založením. Získaný architektonický materiál nejstarší stavební etapy kláštera byl dislokován do spodních částí nejstaršího klášterního ambitu a kapitulní síně, jejichž prostory byly zbaveny barokní navážky. Postupně došlo k utřídění architektonických článků (1946 a v první polovině šedesátých let 20. století) a vytvoření přehledné expozice. V roce 1979 na přání Slováckého muzea v Uherském Hradišti, které v té době spravovalo tuto sbírku (lapidárium), autor tohoto příspěvku provedl první evidenci exponátů a základní popis. V osmdesátých letech 20. století Slovácké muzeum přikročilo k rozsáhlé rekonstrukci včetně nového vstupu do podzemí v prostoru zahrady na východní straně za bazilikou. Nová expozice byla vybavena panely s fotografickou dokumentací jednotlivých etap vykopávek, rekonstrukcemi původní podoby klášterního areálu a kopiemi středověké ikonografie se stavební tématikou.

Po politickém převratu v listopadu 1989 jezuité, kteří se v roce 1990 vrátili na Velehrad, požádali o navrácení velehradské expozice lapidária do své správy. Na příkaz Okresního úřadu v Uherském Hradišti tak Slovácké muzeum objekt předalo.

V rámci rekonstrukce velehradského poutního areálu byla provedena také generální úprava lapidária a barokních krypt pod bazilikou. Z historické expozice se zřídila expozice spíše náboženského charakteru, která silně potlačila původní cisterciácký klášter a jeho jedinečnou architekturu a nahradila ji ideově zcela odlišným obsahem. Současný stav zpřístupněného podzemí kláštera a kostela neodpovídá již zřetelům historickým a architektonickým, nýbrž ideji v duchu nového názvu „Martyrion“.